Il Museo Lapidario Estense è il primo museo pubblico istituito a Modena. La sua fondazione si deve al duca Francesco IV d’Austria-Este, che il 31 marzo 1828 ne decretò la nascita col nome di Museo Lapidario Modenese.
Esso si ispirava a illustri esempi come il Museo Lapidario Maffeiano di Verona (1738), o la Galleria Lapidaria nel Museo Chiaramonti in Vaticano (1800-1823), ma con una peculiare vocazione civica tesa a glorificare il passato illustre della città fin dalle sue origini come colonia romana di Mutina.
Il nucleo iniziale era costituto da alcuni pezzi già conservati presso il Palazzo Ducale di Modena, acquisiti dagli Este da altre collezioni antiquarie o come reperti di scavo provenienti dai territori ducali di Brescello e Novellara.
Oltre ai reperti di età romana, accolse da subito memorie ed arche sepolcrali che per secoli, fino al tardo Seicento, erano state collocate sul sagrato presso il fianco meridionale del Duomo o presso altri edifici sacri di Modena e Reggio Emilia.